پس از اتمام مراحل اولیه فرآوری دانه‌ها، نوبت به عملیات‌های بعدی می‌رسد که شامل بو دادن، بوجاری و آسیاب کردن دانه‌ها برای تولید مس کاکائو است. این مراحل به شکلی طراحی شده‌اند که بر طعم و خصوصیات فیزیکی نهایی مس کاکائو تأثیرگذار باشند.

برشته کاری (Roasting): پس از فرآیند تخمیر و خشک‌کردن، دانه‌ها تحت فرآیند بو دادن قرار می‌گیرند. این مرحله باعث آزاد شدن طعم‌های خاص دانه‌های کاکائو می‌شود و ترکیبات شیمیایی جدیدی که به عطر و طعم نهایی کمک می‌کنند، ایجاد می‌شود. دمای بو دادن و مدت زمان آن باید به‌دقت کنترل شود؛ زیرا بو دادن بیش از حد می‌تواند طعم تلخ و ناخواسته‌ای به کاکائو بدهد، در حالی که بو دادن ناکافی باعث عدم توسعه طعم و عطر می‌شود.

بوجاری (Winnowing): پس از فرآیند بو دادن، دانه‌ها باید از پوسته‌های سخت خود جدا شوند. این مرحله از طریق (Winnowing) صورت می‌گیرد که در آن پوسته‌های بیرونی دانه‌ها از بخش داخلی یا نیبز (Nibs) جدا می‌شود. نیبزها بخش داخلی دانه‌های کاکائو هستند که شامل کره کاکائو و جامدات کاکائو می‌باشند و اساس تولید مس کاکائو را تشکیل می‌دهند.

آسیاب کردن (Grinding): در مرحله نهایی، نیبزها به آسیاب‌ها وارد می‌شوند ، سپس کره کاکائو جدا شده و با جامدات کاکائو ترکیب می شود این فرآیند موجب تولید مس کاکائو می‌شود که به صورت یک خمیر مایع غلیظ و تیره رنگ در می‌آید. در این مرحله، کره کاکائو و جامدات کاکائو به‌طور یکپارچه ترکیب شده و به مس کاکائو تبدیل می‌شوند که در نهایت به شکلات تبدیل می‌شود. برای آسیاب کردن نیبزها از دستگاه‌های مختلفی استفاده می‌شود. انتخاب نوع دستگاه آسیاب بستگی به ویژگی‌هایی نظیر اندازه ذرات، میزان چربی آزاد شده و نوع شکلات نهایی دارد. این فرآیند تأثیر زیادی بر غلظت و بافت نهایی مس کاکائو دارد.